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El Liceo San Mateo fue fundado en el año 1988 en una casa ubicada en la calle 63 Sur # 28-20 del barrio Candelaria La Nueva, en donde se hizo una adaptación y ampliación para iniciar labores en febrero de 1989 con los grados de preescolar y básica primaria, logrando las licencias de funcionamiento según resolución Nº 004714 de diciembre 27 de 1988 para el nivel de preescolar y el nivel de básica primaria hasta el grado tercero. En el año 1991 recibimos una visita para conceder licencia en los grados cuarto y quinto mediante resolución Nº 1845 de octubre 8 de 1991. Posteriormente obtuvimos la aprobación de estudios en los niveles de preescolar y básica primaria según resolución Nº 413 de marzo 2 de 1993.
El 24 de noviembre de 1998 según resolución Nº 7562 expedida por la Secretaría de Educación se reconoce al Liceo San Mateo oficialmente junto con algunas otras instituciones de educación de naturaleza privada, después de haber verificado que los establecimientos que se autorizan en la parte resolutiva hemos dado cumplimiento a lo ordenado por la Ley 115 de 1994.